Mange vandløb i Storå-systemet er eller har været plaget af spærringer.
Hovedparten er skabt af mennesker med forskellige formål for øje.
Efter bæverens tilbagekomst er der nu visse steder spærringer skabt af dem.

Man kan opdele disse spærringer i forskellige kategorier.

Manglende vedligehold/gennemgang af vandløb:
Disse spærringer kan forhindre passage for fisk fuldstændigt.
Der er som oftest tale om tætte bestande af vandplanten pindsvineknop, der lukker vandløbet til.
Man skal bortgrave planten, så der kommer et rimeligt flow i vandet.
Hvis man kun beskærer den, vil den som oftest kun vokse kraftigere.

Ved gennemgang af vandløb, der ikke producerer fisk, selv om de fysiske forhold umiddelbart ser fine ud, finder man af og til steder med kratlignende vegetation, hvor nedfaldne grene danner fundamentet for en prop i vandløbet.
Løsningen er en beskæring/oprydning, og effekten af arbejdet ses ofte umiddelbart, mens man arbejder på stedet.

Styrt/rørunderføringer:
Det var tidligere brugt at udligne fald via en række betonstyrt i vandløbet.
Styrtene kunne gøre det svært eller umuligt for fisk og insekter at passere opstrøms.
Så vidt vides, er der ikke flere af styrtene tilbage. De er knust og der er udlignet med udlægning af grus.

Ved mange mindre og små veje har man lavet en rørunderføring i stedet for en bro.
Gennem tiden er der sket sætninger og vandløbet har ofte lavet en fordybning umiddelbart nedstrøms røret, der kommer til at virke som et styrt.
Her er løsningen at udlægge en større mængde grus, så man udligner højdeforskellen over en strækning.
Ofte ser man gruset blive benyttet som gydebanke.

Dambrugsopstemninger:
Dambrugene er oftest placeret på steder, hvor vandløbet i forvejen har et rimeligt fald.
For at sikre vandindtaget til dambruget, byggede man en opstemning i vandløbet og kun en lille del af vandløbet fik lov at passere opstemningen.
Det betyder, at kun få fisk kan trække opstrøms dambruget afhængig af vandmængde og udformning.

Der er gennem de senere år opkøbt mange dambrug med henblik på nedlæggelse.
I praksis køber man foderkvoten. Man kalder det også opstemningsretten.
I andre tilfælde flytter man foderkvoten til et andet dambrug.
Nogle dambrug ombygget til såkaldte modeldambrug, hvor man kun udnytter meget lidt af åens vand, som tages ind på fladt vand, det vil sige uden opstemning. Man kan eventuelt supplere med grundvand.
Disse ændringer af dambrugsdriften har bevirket et stort fald i antallet af dambrug og dermed givet gydefiskene langt bedre vilkår, ligesom den udtrækkende smolt også overlever i større omfang.

Da der som nævnt ofte er gode faldforhold ved dambrugene, har man ved nedlæggelser af dambrugene restaureret vandløbet og mange gange udlagt gydegrus disse steder, og det er blevet godt modtaget af gydefiskene.


Kraftværksdæmningen:

Dæmningen ved Vandkraftsøen i Holstebro er uden tvivl den mest betydende spærring i Storå-systemet.
Kraftværket blev etableret som et beskæftigelsesprojekt 1940-1942, hvor Storå blev spærret med den nuværende dæmning.
Der var medtænkt en lille fisketrappe, der dog på igen måde havde den ønskede effekt.
Det betyder, at 2/3 af Storås vandsystem i praksis er stort set uden betydning for vandrefiskene.
1989 blev der bygget et omløbsstryg, der fører en mindre del af åens vand uden om kraftværket.
Det har forbedret opgangsmuligheden for vandrefiskene, men søen er stadig et stort problem for de nedtrækkende ungfisk.
Kraftværket er ikke mere i drift.

Foreningen har i mange år argumenteret for en nedlæggelse af søen eller alternativt et langt omløbsstryg med åens fulde vandføring.
Der er ingen politisk vilje til at nedlægge søen. Der er pæne ord om omløbsstryget, men den politiske vilje til at gennemføre projektet mangler stadig.

Som et led i klimasikringen af Hostebro Midtby er der planer om at forhøje dæmningen ved kraftværksøen og også planer om etablering af endnu et dæmningsanlæg nogle kilometer øst (opstrøms) den nuværende sø.
Ved planlægningen af kraftværksøen var der tanker om yderlige nogle vandkraftværker i Storå, bl.a. ved Bur. Disse planer blev dog aldrig til noget.

Bæverdæmninger:
Sidste skud på stammen af opstemninger er dæmninger bygget af bævere.

Oktober 1999 blev der sat 18 bævere ud i Flynder Å i Klosterheden Statsskovdistrikt.
Herfra har de bredt sig til Storå-systemet.
Bo og dæmninger finder man i sideløbene.
Nogle steder er det problemfrit, mens den volder store problemer for fiskebestandene i f.eks. Gryde Å.
I Gryde Å er der investeret ca. kr. 1 mio. til opkøb af dambrug og der er foretaget omfattende vandløbsrestaureringer
Dæmningerne udgør effektive spærringer og forhindrer såvel op- som nedtræk af henholdsvis gydefisk og smolt. Den nedsatte vandhastighed må på sigt forventes at betyde en tilslamning af gydebankerne.